Pese a que el ministerio de Defensa lo negó en reiteradas ocasiones, el submarino ARA San Juan realizaba tareas de monitoreo de buques y aeronaves de las Islas Malvinas, tal como consta en un informe de Inteligencia que dio a conocer el jefe de Gabinete, Marcos Peña, en su exposición en el Congreso.
El ministro coordinador explicó que el objetivo primario del ARA San Juan «era la localización, identificación, registro fotográfico/fílmico de buques frigoríficos, logísticos, petroleros, buques de investigación de otras banderas, etc., que se encontraran realizando alijo con un buque pesquero». Luego agregó: «Como objetivos materiales secundarios de esta actividad se establecieron buques y aeronaves que operan desde las Islas Malvinas. Ello con el propósito de verificar el cumplimento de los convenios suscriptos por ambos países, en cuanto a la obligación de informar los movimientos de unidades en zonas particulares».
Peña adjunto en su informe de 1976 páginas la Orden de Operaciones (OP) COFS N° 04/17 «C» que detalla la misión completa del ARA San Juan. Las explicaciones del funcionario abren nuevamente la hipótesis de que el buque pudo haber sido víctima de ataque por sus tareas que podrían ser calificadas como espionaje aunque desde la Armada lo han negado de manera rotunda.
Consultados por este tema, un familiar de una de las víctimas en diálogo con La Nación destacó que «este documento no lo vimos los familiares. Nos contaron por escrito cuál era la OP. La exposición que nos hicieron coincidía con lo que me dijo mi hijo, pero no con estos datos corregidos. El área de patrulla real y correcta es la impresa y tachada. La otra manuscrita es imposible porque quedan las islas en el medio».
También, un ex comandante del submarino Carlos Zavalla indicó que «es una OP muy completa. Pero es evidente que hay un error. Hay una parte que está casi sobre Malvinas. Hay un error garrafal. La tachada es razonable».
«Como mínimo el límite este u oriental de esas coordenadas se debe corregir porque si no estamos violando todos los tratados, como el de Madrid, que se firmaron entre la Argentina y Gran Bretaña tras la guerra de 1982», detalló el familiar, y agregó: «El gran dato es que están las islas en el medio. Me llama la atención que nadie lo haya mirado».
