El hundimiento del ARA San Juan tuvo responsabilidades claras en los altos mandos de la Armada, tal como determinó el Consejo General de Guerra, que investigó lo sucedido bajo la gestión Mauricio Macri con el submarino.
El mencionado órgano dispuso la destitución del Capitán de Navío Claudio Javier Villamide, ex jefe del comando de la Fuerza de submarinos de la Armada, y «arresto riguroso» por 45 días para el ex jefe de la Armada, Marcelo Srur.
En el caso de Villamide, fue sancionado por la «negligencia» en su accionar «al evidenciar falta de cuidado o descuido de la tropa y equipamiento a su cargo», mientras que a Marcelo Srur por haber informado en forma «incompleta» al Ministerio de Defensa los sucesos acontecidos con el submarino, «impidiendo de esta forma también proporcionar información a los familiares de los tripulantes, con el agravante de no comparecer ante la opinión pública».
En un informe difundo por el Ministerio de Defensa sobre las decisiones del Consejo de Guerra, se indicó que el contraalmirante (R.E.) Luis Enrique López Mazzeo, ex comandante de Adiestramiento y Alistamiento de la Armada, fue sancionado con 15 días de arresto riguroso, por encontrarse con procesamiento confirmado en la causa que tramita en Caleta Olivia.
A su vez, el contraalmirante (R.E.) Eduardo Luis Malchioldi fue absuelto por falta de mérito decretado en la causa penal que tramita en Caleta Olivia, y con respeto del Capitán de Navío (R.E.) Carlos Ferraro, fue declarada extinguida la acción disciplinaria respeto de la falta grave que se le imputaba.
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El capitán de Navío Héctor Aníbal Alonso fue sancionado con 20 días de arresto riguroso por «no haberse constituido en la sede del Comando de la Fuerza de Submarinos ni haber convocado de inmediato a los integrantes del Estado Mayor».
El capitán de Fragata Hugo Miguel Correa, en lugar de la sanción de destitución, se le aplicó 30 días de arresto riguroso, debido a circunstancias extraordinarias de atenuación previstas en la ley 26.394.
